Los programas a desarrollarse en el estado de Guanajuato contemplan la atención de los problemas fitosanitarios asociados a los cultivos de maíz, frijol y trigo panificable como parte del manejo fitosanitario en apoyo a la Producción para el Bienestar, además de plagas reglamentadas del aguacate y plagas reglamentadas del agave; cultivos de crucíferas, frutales, frutillas, sorgo, vid, cultivos bajo agricultura protegida y producción de Viveros de material propagativo.
El Comité Estatal de Sanidad Vegetal de Guanajuato, a través de la operación de programas y campañas fitosanitarias en coordinación con productores e instituciones federales y estatale realiza actividades técnico-operativas de prevención, evaluación, manejo, control y seguimiento de plagas y enfermedades en beneficio de los productores del Estado.